巫三祝（？—17世纪），字疑始，广东惠州府龙川县人，明朝、南明政治人物。巫三祝是新喻知县巫子肖之子，天启七年（1627年）由恩贡中举人，崇祯元年（1628年）联捷进士，授四川富顺知县，平定流寇有功，获赐金鼎；主持乡试取得多位名士，入朝上疏当地三大弊政得崇祯帝嘉奖。之后他调任福宁知州，在任六年得到士民爱戴立祠，升为户部浙江司主事、员外郎，至永历时再升为郎中；其后辞官供养父母，在霍山建筑彩云书院，有《蘧园集》、《霍山志》等著作，卒年八十岁。