邓启愚，字良知，湖广辰州府溆浦县人，民籍。万历四年（1576年）丙子科湖广乡试第八十一名举人，万历八年（1580年）庚辰科会试第七十九名，登三甲第一百七十名进士。授浙江处州府推官，兼摄云和县事，历官河南南阳府知府。万历三十年（1602年）闰二月升河南副使兼右参议、分守汝南道。