朱运昌（1559年—1604年），字允升，云南云南前卫军籍直隶镇江府丹徒县人。万历庚辰进士，官至福建巡抚。云南乡试第十八名，万历八年（1580年）庚辰科会试第二百十七名，登三甲第一百九十一名进士。初授大理寺评事，累官刑部郎中，十七年十月升四川按察司川东道副使，二十年九月升本省左参政，二十三年九月升广西按察使，二十六年八月升福建右布政使，转左布政。万历二十九年（1601年）二月升任福建巡抚右佥都御史，三十二年卒于任上。