王三馀（1550年—？），字效勤，直隶真定府晋州安平县人，军籍，进士出身。隆庆四年（1570年）庚午科顺天府乡试第十九名，万历二年（1574年）甲戌科会试第三百名，登三甲第一百二十一名进士。万历八年六月选授礼科给事中，十年三月升兵科右，十一年二月升兵科左，十三年七月与礼部主事孙成名担任山东乡试考试官，九月升礼科都给事中，十五年去职。