郭皇畿，山东滋阳县（今属济宁市兖州区）人。清朝初年政治人物。明崇祯三年（1630年）举庚午科山东乡试。清顺治三年（1646），清廷首开春闱，郭皇畿登二甲进士。授直隶遵化县知县。