伍元芝（1865年—1923年），江苏省江宁府上元县人，清朝末年政治人物。光绪十八年（1892年），参加光绪壬辰科殿试，登进士三甲92名。同年五月，授内阁中书又任主事，后外放浙江。光绪二十七年（1901年）浙江武备学堂成立，伍元芝为首任总办。民国十二年（1923年）因病赴上海疗养，突发脑溢血病逝。