方九功（1537年—1588年），字允治，号新渠，河南南阳府南阳县人，军籍。河南乡试第六名举人。嘉靖四十四年（1565年）中式乙丑科三甲第三十五名进士。大理寺观政，本年六月授江都县知县，三年任满，隆庆二年（1568年）六月升吏部主事，三年八月升员外郎，万历元年（1573年）正月复除本部，十一月升郎中，二年十月调文选司郎中，万历三年（1575年）十月升提督四夷馆太常寺少卿。五年四月养病，十一月科道拾遗，改南京别衙门用。九年十月起补南京鸿胪寺卿，十一年十一月升南京通政使司右通政，十二年七月升南京太常寺卿，十三年五月升南京大理寺卿，再升南京工部右侍郎，十五年二月被弹劾致仕，十六年去世，十七年赐祭葬。