吴自新（1534年—1593年），字伯恒，号韫庵，应天府江宁县民籍，直隶祁门县人。嘉靖四十三年（1564年）甲子科应天府乡试第八名举人。隆庆二年（1568年）中式戊辰科二甲第六十九名进士。初授工部都水司主事，升郎中，负责督治漕河工程，擢杭州府知府。六年正月升浙江按察司副使、整饬温处兵备，九年二月升本省左参政，总理粮储，十一年闰二月升按察使，十六年正月升浙江右布政使，七月转左布政。十八年四月入为太常寺少卿。万历十八年（1590年）六月擢都察院右副都御史、巡抚河南，二十年七月升南京刑部右侍郎，二十一年卒于官，赐祭葬。