孙佩（1536年—？），字伯玉，号昆石，山东青州府诸城县人，山东青州左卫军籍。嘉靖四十年（1561年）辛酉科山东乡试第四十八名举人。隆庆二年（1568年）中式戊辰科三甲第二百六十八名进士。三年授直隶丹阳县知县，六年升户部主事，万历五年（1577年）升山西司郎中，十一年三月升江西布政司右参议，十三年五月升湖广按察司副使，再升参政，十七年正月调简。